波黑自新石器时代就有人类居住。早期居民为伊利里亚人。该地于公元前168年由罗马帝国占领。455年时东哥特人将该地区占领，6世纪时东哥特人被东罗马帝国击败，现波黑南部地区一度成为东罗马帝国的一部分。

阿瓦尔人于6世纪和7世纪时开始入侵，塞尔维亚人和克罗地亚人也相继进入巴尔干半岛。在接下来的几个世纪内，波斯尼亚以及黑塞哥维纳地区多次分属周围的各个国家。1377年时特弗尔特科·科特罗曼尼奇（Tvrtko Kotromanić）建立了一个独立的波斯尼亚王国，但1463年时奥斯曼帝国入侵，波斯尼亚被并吞。

在奥斯曼帝国统治时期，以武力、宗教人头税等方式迫害当地塞尔维亚人和克罗地亚人。并规定，凡是穆斯林，可进入上层社会；农民如改信伊斯兰教，可免交某些捐税。这一政策使许多塞尔维亚人和克罗地亚人改信伊斯兰教。在现今波黑境内的穆斯林大多是由于这种政策所造成的。奥斯曼帝国还强迫占领区儿童从小脱离父母和家庭，进行集中教育和培养，使之成为近卫军的一种兵源，迫使塞尔维亚人和克罗地亚人后代土耳其化。他们还将其占领地区的人分等级，给予不同地位。凡是为其统治服务、效力的地主、军人等享有很高的地位，而仍旧信仰基督教的塞尔维亚人和克罗地亚人普通平民则被称为“赖雅”(即土耳其语畜牲的意思)。

1908年波斯尼亚和黑塞哥维纳成为了奥匈帝国的领地，1914年奥匈帝国皇储斐迪南大公在萨拉热窝被塞族民族主义者所刺杀（参见萨拉热窝事件），直接导致第一次世界大战的爆发。战后波黑成为塞尔维亚、克罗地亚和斯洛文尼亚王国的一部分，该王国后来更名为南斯拉夫。第二次世界大战期间，波黑成为轴心国傀儡国克罗地亚独立国的一部分，战后又重归铁托领导下的南斯拉夫。此时波黑正式确认为南斯拉夫的一个联邦共和国，其边界采用的是奥斯曼帝国时期的边界，和实际民族分布颇有出入。

铁托时期的南斯拉夫为了压制国内大塞尔维亚主义，承认了“讲塞尔维亚-克罗地亚语的伊斯兰教徒”为穆斯林族（即波黑独立后的波斯尼亚人），使原本构成南斯拉夫主体的民族由五个提升到六个。新承认的穆斯林族，人口次于塞尔维亚人和克罗地亚人位居南斯拉夫第三位。

1992年2月19日，波黑在塞族抵制的情况下，就独立问题举行公民投票。投票结果显示，约占人口62.8%的穆斯林族和克罗地亚族支持独立。3月3日，波黑议会在塞族议员缺席抵制的情况下宣布独立，致使民族矛盾激化，4月6日，在欧洲共同体承认波黑独立的同一天，波黑境内5个塞族自治区宣布联合成立塞族共和国，独立于波黑，但依然留在南斯拉夫内。塞尔维亚人的行动招致波黑政府的镇压，驻扎在波黑境内的南斯拉夫人民军亦招穆斯林和克罗地亚两族武装的攻击。4月7日，南斯拉夫人民军出动飞机轰炸了克罗地亚族武装力量的弹药库，武装冲突骤然升级。冲突从首都萨拉热窝向外蔓延，酿成全面内战。1994年3月穆斯林和克族人同意共组联邦，共同对抗塞族人。1995年11月21日各方签署代顿和平协定，结束内战，并把波黑分为波黑联邦以及塞族共和国两个政治实体。波黑内战中共有二十万人死亡，超过二百万人流离失所。

战争结束后，北约在波黑继续驻扎维和部队，2004年底由欧盟所取代。

2006年10月1日，大选举行。[1]10月18日，中央选举委员会公布，波什尼亚克族的哈里斯·西拉伊季奇、塞尔维亚族的内博伊沙·拉德马诺维奇和克罗地亚族的泽利科·科姆希奇当选为主席团成员。议会代表院42个席位中，民主行动党获得9席，波黑党获得8席，独立社会民主联盟和波黑社会民主党分别获得7席和5席，余下席位被其他一些政党和政党联盟获得。[2]2007年2月9日，以尼科拉·什皮里奇为部长会议主席的政府宣誓就职。[